Приборная база

Технологии секвенирования

Секвенирование по Сэнгеру с детекцией результата в режиме капиллярного электрофореза

lpgi01Секвенатор ABI Prism 3100 (Applied Biosystems, США) предназначен для проведения капиллярного электрофореза при определении последовательностей ДНК модифицированным методом Сенгера с использованием флуоресцентной метки. Прибор несет 16 капилляров длиной 50 см и работает в 96-ти луночном формате. При времени рабочего цикла в 2,5 часа обеспечивают прочтение нуклеотидной последовательности шестнадцати образцов ДНК со средней длиной 650 п.н. с общей производительностью 144 образца в сутки.

lpgi02"Секвенатор ABI Prism 3730XL (Applied Biosystems, США) предназначен для проведения капиллярного электрофореза при определении последовательностей ДНК модифицированным методом Сенгера с использованием флуоресцентной метки. Прибор несет 96 капилляров длиной 50 см и работает в 96- или 384-луночном формате. Прибор не требует постоянного присутствия оператора и при времени рабочего цикла в 2,5 часа обеспечивают прочтение нуклеотидной последовательности девяносто шести образцов ДНК со средней длиной 850 п.н. с общей производительностью 864 образца в сутки".
 

Секвенирование по Сэнгеру с детекцией результата в режиме капиллярного электрофореза, пробоподготовка

lpgi03

Роботизированная система QPix2 (Genetix, Великобритания) предназначена для автоматизированного переноса клеточных колоний либо фаговых бляшек, полученных на плотных питательных средах, в 96-ти или 384-х луночные планшеты либо на другие специализированные носители. Программное обеспечение прибора позволяет осуществлять направленный отбор колоний в заданном диапазоне параметров с учетом размера, цвета, формы. Перенос осуществляется с помощью сменных насадок с иглами для 96-ти или 384-х луночного формата. QPix2 является незаменимым звеном подготовки классических геномных библиотек для анализа посредством сиквенса по Сэнгеру с детекцией результата в режиме капиллярного электрофореза.

Полупроводниковое секвенирование

Ion_proton_photo

Секвенаторы второго поколения Ion Torrent PGM и Ion Torrent Proton (Applied Biosystems, США) представляют собой платформы для высокопроизводительного секвенирования клонально амплифицированных фрагментов ДНК по технологии полупроводникового секвенирования. Производительность Ion Torrent PGM составляет от 40 миллионов до 1,2 миллиарда пар нуклеотидов в зависимости от используемого формата загрузки прибора и выбора длины прочтения нуклеотидной последовательности от 200 до 400 пар нуклеотидов. Производительность Ion Torrent Proton - до 15 миллиардов пар нуклеотидов при длине прочтения нуклеотидной последовательности 200 пар нуклеотидов.

Обеспечиваемое фирмой-производителем разнообразие форматов подготовки образца позволяет с высокой эффективностью использовать приборы Ion Torrent для ресиквенса и сиквенса de novo бактериальных геномов, метагеномного секвенирования, анализа экзомов человека, транскриптомного анализа и эпигенетических исследований.

Ion_chef_photo

Среди дополнительного оборудования, предоставляемого фирмой-производителем - системы Ion Chef и Ion OneTouch System, в состав которой входят специализированный амплификатор для эмульсионной ПЦР Ion OneTouch и устройство для разрушения и обогащения эмульсии Ion OneTouch ES. Использование этих систем пробоподготовки позволяет автоматизировать и значительно ускорить процесс приготовления образцов для исследования.

Сиквенс посредством синтеза

Hiseq_photo

Секвенатор второго поколения HiSeq 2500 (Illmina, США) представляет собой платформу для высокопроизводительного секвенирования клонально амплифицированных фрагментов ДНК в составе "молекулярных колоний" на стекле по технологии "сиквенс-посредством-синтеза". Высокую гибкость системе придаёт наличие двух независимых проточных ячеек с возможностью единовременного анализа от одного до 96 образцов. Производительность HiSeq 2500 составляет от 20 до 900 миллиардов пар нуклеотидов за один запуск, в зависимости от используемого формата загрузки прибора и выбора длины прочтения нуклеотидной последовательности от 40 до 250 пар нуклеотидов. Обеспечиваемое фирмой-производителем разнообразие форматов подготовки образца позволяет с высокой эффективностью использовать HiSeq 2500 для ресиквенса прокариотических и эукариотических геномов, сиквенса бактериальных геномов de novo, метагеномного секвенирования, транскриптомного анализа и эпигенетических исследований.

Пиросеквенирование

lpgi10
Секвенатор второго поколения GS FLX+ (Roche Diagnostics, США) представляет собой платформу, предназначенную для высокопроизводительного секвенирования клонально амплифицированных фрагментов ДНК по технологии пиросеквенирования. Производительность GS FLX+ составляет до 1 миллиарда пар нуклеотидов при длине прочтения до 1000 пар нуклеотидов. Обеспечиваемый фирмой-производителем формат подготовки образца позволяет с максимальной эффективностью использовать GS FLX+ для ресиквенса и сиквенса de novo бактериальных геномов и сиквенса ампликонов, а так же метагеномного анализа, транскриптомного профилирования и эпигенетических исследований при работе с небольшими образцами ДНК.
lpgi11lpgi12

 

Технологии чип-гибридизации

Высокоплотные чипы на основе технологии BeadArray

lpgi13Роботизированная система TECAN Freedom Evo (Illumina, США) используется для работы с высокоплотными биочипами компании Illumina. Прибор обеспечивает нанесение исследуемых образцов на биочипы и последующие операции с ними в автономном режиме, не требующем постоянного присутствия оператора. Рабочий цикл для обработки 24-х биочипов занимает 4 часа.

lpgi14Прибор iScan (Illumina, США) предназначен для сканирования высокоплотных биочипов производства компании Illumina, позволяющих осуществлять скрининговые исследования в области транскриптомики, эпигенетики, полногеномного или локусного генотипирования. Прибор несет два возбуждающих лазера с длинами волн излучения 532 и 658 нм, а разрешение сканирования составляет 540 нм. Автоматический анализ изображений позволяет без задержки получать данные для статистической обработки.
В основе технологии BeadArray - микроскопические кремниевые бусины, нанесённые подготовленную на поверхность стекла. Бусины имеют размер в 3 мкм и каждая из них несет специфиеческие олигонуклеотидные зонды. Современные биочипы линейки Infinium HD позволяют проводить параллелльный анализ до 5 млн однонуклеотидных полиморфизмов в 12-ти образцах на одном чипе.