Хомякова Елена Борисовна

Хомякова Елена БорисовнаКандидат биологических наук, cтарший научный сотрудник

Родилась 22 июля 1969 г. в Москве.

Образование:
1986 - 1992 гг.: Физический факультет МГУ, кафедра атомной физики, физики плазмы и микроэлектроники;
1996 г. : Кандидат биологических наук (тема: "Изучение неканонических структур нуклеиновых кислот", ИМБ РАН)

После защиты диссертации продолжила работать в ИМБ РАН, присоединившись к исследованиям, проводимым в Центре биологических чипов. В 2001 г. возглавила Микрочиповый проект во французской биотехнологической start-up компании IMSTAR.
C 2011 г. - старший научный сотрудник лаборатории молекулярной генетики человека.

Область научных интересов

  • Разработка и применение биочипов для генотипирования, анализа микроРНK и мРНK
  • Роль экстраклеточных везикул и экзосом в межклеточном сигналинге
  • Примемение экзосом в качестве диагностических маркеров различных патологий
  • Исследование стволовых раковых клеток

Основные достижения

  • С группой соавторов продемонстрировала образование в растворе параллельного триплекса с GT богатой третьей нитью;
  • Изучала условия формирования мультицепочечных комплексов на олигонуклеотидных биочипах и предложила подход, позволяющий выравнивать гибридизационные сигналы АТ и GC-богатых дуплексов;
  • Участвoвала в разработке сканера для биочипов;
  • Разрабатывала олигонуклеотидный биочип для выявления мутаций, ответственных за муковисцидоз;
  • Участвoвала в разработке подхода, позволяющего регистрировать процессы в реальном времени на керамических микрочипах с примемением microfluidic station;
  • Участвовала в разработке уникальных алгоритмов автоматической детекции биологических объектов на флуоресцентных изображениях (клетки, ядра, микроядера, "кометы", FISH, foci и др.)
  • Принимала участие в оптимизации протокола выделения экстраклеточных микровезикул

Избранные публикации
1. Khomyakova, E, Livshits M.A., Steinhauser, M-C, Dauphinot, L, Cohen-Kaminsky, S, Rossier, J., Soussaline, F, Potier, M-C (2008) On-chip hybridization kinetics for optimization of gene expression experiments. Biotechniques, 44, pp.109-17
2. Baaj, Y., Magdelaine, C., Ubertelli, V., Valat, C., Talini, L., Soussaline, F., Khomyakova, E., Funalot, B., Vallat, J.-M., Sturtz, F. (2008) A highly specific microarray method for point mutation detection. Biotechniques, 44, pp.119-26
3. E. B. Khomyakova, E. V. Dreval, A. A. Papin and F. P. Soussaline. (2007) OSA microarray reader instrumentation and its applications for registration of on-chip real-time reactions. ITBM-RBM, 28, 230-234
4. Khomyakova, E .B., Dreval, E.V., Tran-Dang, M., Potier, M.-C., Soussaline, F.P. (2004) Innovative instrumentation for microarray scanning and analysis: application for characterization of oligonucleotide duplexes behavior. Cell Mol Biol. 50, pp.217-24
5. Baghdoyan, S., Roupioz, Y., Pitaval, A., Castel, D., Khomyakova, E., Papine, A., Soussaline, F., Gidrol, X. (2004) Quantitative analysis of highly parallel transfection in cell microarrays. Nucleic Acids Res. 21, e77
6. Khomiakova, E.B., Livshits, M.A., Sharonov, A.Iu., Prokopenko, D.V., Mirzabekov A.D. (2003) Analysis of perfect and mismatched DNA duplexes by a generic hexanucleotide microchip. Molecular Biology (Rus) 37 (4), pp. 726-41
7. Liquier, J., Geinguenaud, F., Huynh-Dinh, T., Gouyette, C., Khomyakova, E., Taillandier, E. (2001) Parallel and antiparallel G*G.C base triplets in pur*pur.pyr triple helices formed with (GA) third strands. J Biomol Struct Dyn. 19, pp.527-34
8. E. Khomyakova, J. Liquier ,T. Huynh-Dinh, V. Florentiev, A. Mirzabekov and E. Taillandier (2000) Targeting of Pu.Py duplexes by GA and GT rich oligonucleotides on Microchip and in Solution. J. Biomolec. Str. Dynam. Conversation 11, Issue #2, 227-235
9. E.B. Khomyakova, H.Gousset, J. Liquier, T. Huynh-Dinh, C. Gouyette, M. Takahashi, V.L. Florentiev and E. Taillandier (2000) Parallel Intramolecular DNA Triple Helix with G and T Bases in the Third Strand stabilized by Zn2+ ions. Nucleic Acids Res. 15, pp. 3511-6
10. Nikolai B. Ulyanov, Valery I. Ivanov, Elvira E. Minyat, Elena B. Khomyakova, Maria V. Petrova, Krystyna Lesiak & Thomas L. James (1998) A Pseudoquare Knot Structure of DNA in Solution. Biochemistry 37, pp. 12715-26
11. E.B. Khomyakova, M.V. Petrova, E.E. Minyat and V.I. Ivanov (1998) Slipped Loop Structure of DNA: a specific nucleotide sequence forms only one unique conformer, FEBS Lett., 422, pp. 265-268
12. A.K. Shchyolkina, L.E. Minchenkova, E.E. Minyat, Y.B. Khomyakova, V.I. Ivanov, R. Klement and T.M. Jovin (1998). Distamycin - stabilized Antiparallel-Parallel Combination (APC) DNA. J. Biomolec. Str. Dynam. 15 (5), pp. 823-39
13. E.Minyat, E.Khomyakova, M.Petrova, E. Zdobnov and V.Ivanov (1995) Experimental evidence for Slipped Loop DNA, a novel folding type for polynucleotide chain. J. Biomolec. Str. Dynam. 13, pp. 523-527
14. Anna K. Shchyolkina, Olga F. Borisova, Elvira E. Minyat, Edward N. Timofeev, Irina A. Il’icheva, E. B.Khomyakova, Vladimir L. Florentiev (1995) Parallel purine-pyrimidine-purine triplex: exprimental evidence of existence. FEBS Letters 367, pp. 81-84
15. A.K.Shchyolkina, E.N.Timofeev, O.F.Borisova, I.A.Il'ychova, E.E.Minyat, E.B.Khomyakova, V.L.Florentiev (1994) R-form of DNA does exist. FEBS Letters, 339, 113-118

Контактная информация
Тел. +7 (499) 246 45 70
e-mail: khomya[at]yahoo.com