- Метагеномика микробиоты кишечника человека. Анализ данных с секвенаторов нового поколения, в т.ч. ABI SOLiD. Филогенетическое и функциональное описание, статистический анализ социо-географических и медицинских групп, метаболическая реконструкция, поиск функциональных маркеров. Участие в Русском метагеномном проекте (http://www.metagenome.ru).
- Визуализация биологических данных, способствующая генерации и проверке биологических гипотез.
- Бактериальная геномика: сборка геномов бактерий из данных секвенаторов нового поколения (NGS), аннотация. Наши геномные проекты включают: молликуты (Spiroplasma melliferum, Acholeplasma laidlawii, Mycoplasma gallisepticum), Helicobacter pylori.
- Ресеквенирование генома человека на секвенаторах нового поколения (NGS), предсказание риска развития патологий на основании полиморфизмов и структурных перестановок, анализ индивидуального генетического профиля человека.