Попенко Анна Сергеевна

Попенко Анна Сергеевна
Попенко Анна Сергеевна

Дата рождения: 25.07.1989
E-mail: a.s.popenko[at]niifhm.ru
Тел.: +7 916 570 45 82Образование
1. Аспирант, второй год обучения, специальность «Биохимия» ФГБУН НИИ ФХМ ФМБА России
Тема диссертационной работы: "Биоинформационные методы анализа метагеномных данных"
2. Специалист по биоинженерии, МГУ им. М.В. Ломоносова, Факультет Биоинженерии и Биоинформатики (2005-2011).
Тема дипломной работы: "Эволюция ДНК-метилтрансфераз из систем рестрикции и модификации", 2011

Научные интересы
Системная биология, геномика, метагеномика, секвенирование, биоинформатика, биостатистика, математическое моделирование

Научные проекты
1. “Development of new options to web-service CORE_TF: searching for pairs of transcription factors in modules of co-expressing genes”, Leiden University Medical Centre (LUMC), Лейден, Нидерланды, июль 2009
2. Участие в проекте по протеогеномноу профилированию Spiroplasma melliferum KC3, ФГУ НИИ ФХМ ФМБА России, Отдел постгеномных исследований, 2011
3. Участие в Российском Метагеномном проекте, ФГУ НИИ ФХМ ФМБА России, Отдел постгеномных исследований, 2011
Публикации
1. Alexeev Dmitry, Kostrjukova Elena Aliper Alexander, Popenko Anna et al. Application of Spiroplasma melliferum proteogenomic profiling for discovery virulence factors and
pathogenicity mechanisms of host associated bacteria. Journal of Proteome Research, 2012, 11:224-236

2. A. Tyacht, A. Popenko MALINA: a web service for visual analytics of human gut microbiota whole-genome metagenomic reads. Source Code for Biology and Medicine, 2012, 7:13

3. Nadezhda F. Polina, Polina, Marina M. Shkarupeta, Anna S. Popenko, Alexander A. Vassilevski, Sergey, A. Kozlov, Eugene V. Grishin, et al. Cyto-insectotoxin 1a from Lachesana tarabaevi spider venom inhibits Chlamydia trachomatis infection. Probiotics & Antimicro. Prot. 2012, 4:208–216

4. Д.Г. Алексеев, Е.С. Кострюкова, А.С. Попенко, И.В. Русаловский, А.В. Тяхт Потенциальные возможности использования распределенных вычислительных систем при решении концептуальных проблем построения информационных комплексов обработки данных высокопроизводительного геномного секвенирования и глубокого протеомного профилирования. Информатизация и связь, 2012, 8:10-14

Конференции
1. "Comparative analysis of metabolic profiles for human gut microbiota using ABI SOLiD sequencing.", MCCMB-2011, Москва, 2011
2. "MALINA – веб-сервис для анализа метагеномных данных.", , 54ая научная конференция МФТИ “Проблемы фундаментальных и прикладных, естественных и технических наук в современном информационном обществе”, Москва, 2011
3. "MALINA - a Web-service for human gut microbiota whole-genome metagenomic reads analysis.", IHMC, Париж, 2012
4. "Deep metagenomics and metaproteomics of human gut: dramas and delights.", BGRS\SB, Новосибирск, 2012
5. "Challenges in bioinformatics analysis of whole-genome metagenomic sequences.", Postgenome, Казань, 2012
6. "Особенности биоинформационного анализа данных полногеномного секвенирования микробных сообществ.", Первая всероссийская научная конференция молодых ученых-медиков «Инновационные технологии в медицине XXI века», Москва, 2012
7. "Особенности микробиоты кишечника российской популяции: функциональный анализ и межнациональное сравнение.", Международная конференция "Высокопроизводительное секвенирование в геномике", Новосибирск, 2013
Проффесиональные навыки
1. Программирование: Perl, Python, R, PL/SQL, bash
2. Биоинформационные навыки:
- анализ белковых последовательностей и структур,
- de novo сборка геномов и их аннотирование
- филогенетический анализ
- статистические методы обсчета биологических данных
- дифференциальный анализ данных с микрочипов
- написание веб-сервисов
- анализ метагеномов